Ancaman terhadap kelestarian gua ini datang dari berbagai arah, termasuk aktivitas manusia yang tidak bertanggung jawab seperti vandalisme dan eksploitasi alam yang tidak berkelanjutan.

Oleh karena itu, penting bagi pemerintah dan masyarakat untuk bekerja sama dalam menjaga kelestarian gua ini agar tetap menjadi bagian dari warisan alam dan budaya Nusakambangan yang bisa dinikmati oleh generasi mendatang.

Pemerintah daerah sudah mulai mengambil langkah-langkah untuk melindungi situs ini dengan menetapkan peraturan yang melarang aktivitas merusak di sekitar gua dan memperketat pengawasan terhadap pengunjung.

Selain itu, edukasi kepada masyarakat dan wisatawan tentang pentingnya menjaga kelestarian alam juga semakin digencarkan. Program-program konservasi yang melibatkan komunitas lokal juga menjadi bagian penting dari upaya pelestarian ini.

Gua Masigit Sela di Nusakambangan bukan sekadar gua biasa, melainkan sebuah situs yang kaya akan nilai historis, sosial, dan budaya.

Dari sejarah panjangnya yang misterius hingga peran pentingnya dalam kehidupan spiritual masyarakat, gua ini merupakan bagian tak terpisahkan dari identitas Nusakambangan.