Pada awalnya, Sunan Pakubuwono II menerima kedatangan pengungsi Tionghoa ini. Namun, VOC yang tetap mencurigai komunitas Tionghoa ini menekan Pakubuwono II untuk membatasi gerak mereka.

Akibatnya, ketegangan pun meningkat, hingga akhirnya pecahlah pemberontakan yang dikenal sebagai Geger Pecinan di Kartasura dan meluas ke kawasan lain dari Jawa Tengah hingga Jawa Timur.

Dalam perlawanan ini, komunitas Tionghoa berkoalisi dengan pangeran-pangeran Mataram yang anti-VOC, seperti Pangeran Mangkubumi dan Pangeran Mangkunegoro.

Salah satu pemimpin milisi Tionghoa yang terkenal adalah Souw Pan Chiang, yang dalam bahasa Jawa disebut Kapiten Sepanjang. Ia memimpin pasukan Tionghoa yang berperan besar dalam penyerbuan ke istana Kartasura pada tahun 1742.

Dalam perang tersebut, Tan Peng Nio bergabung dengan pasukan Kapitan Sepanjang sebagai prajurit Prajurit Langen Kusuma atau Prajurit Estri, yaitu pasukan khusus yang terdiri dari kaum perempuan baik Jawa maupun Tionghoa.

Sejarawan dari Pura Mangkunegara, KRMH Daradjadi Gondodiprodjo, yang menulis dalam bukunya berjudul "Geger Pecinan 1740-1743: Persekutuan Tionghoa-Jawa Melawan VOC" menyebut, Tan Peng Nio menjadi bagian penting dari pasukan Kapitan Sepanjang, dan bertempur di garis depan dalam perang gerilya masa itu.